【備忘録】rethinkingパッケージのstanコードを出力する方法

投稿日:2016年6月7日 更新日:

きょうごく
本記事では「rethinkingパッケージのstanコードを出力する方法抜について」サクッと解説します

【備忘録】rethinkingパッケージのstanコードを出力する方法

ちょいと前に、stanコードの確認&写経がしたくて、以下の書籍を買いました

が、パラパラパラーっと頁をめくっても、rethinkingパッケージのコードが見つかるばかりで、肝心のstanコードがみつからず。

rethinkingパッケージから取りだす方法があるだろうと思ったら、やっぱりありました。

以下のサイトにのっていますが、ぼく自身が忘れたときのために、このblogにも残しておきます

https://github.com/rmcelreath/rethinking

1.rethinkingパッケージのインストール

まずパッケージの入手は以下のコードを実行します。

install.packages(c("coda","mvtnorm","devtools","loo"))
library(devtools)
devtools::install_github("rmcelreath/rethinking")

2.stanコードの取り出し方

例として、上記のサイトのモデルをそのまま実行します。

library(rethinking)

fit.stan

上記のモデルを実行したら、以下のコードを走らせます。

rethinkingパッケージからのstanコードの出力はこれでOKです。

stancode(fit.stan)

例えば、上記のモデルの背後にあるstanコードは以下になります。

data{ int  N;
 real y[N];
}
parameters{
 real mu;
 real sigma;
}
model{
 sigma ~ cauchy(0, 1);
   mu ~ normal(0, 10);
 y ~ normal(mu, sigma);
}
generated quantities{
 real dev;
 dev = 0;
 dev = dev+(-2)*normal_log(y, mu, sigma);
}
以上です。
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Makoto KYOUGOKU

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