[備忘録]Rで階層ベイズGLMM

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以前、一般化線形混合モデル(GLMM)のススメという記事を書き、Rのパッケージはglmmstanのみ紹介しました。

その後、brmsrstanarmなどいろいろ使いはじめて、それらも使いやすかったりしますし、ちょっとずつ機能が違うので備忘録として残しときます。

何だかすごく展開が早いので、いちエンドユーザーのぼくは、こうやって備忘録を残しとかないとフォローしきれなくなりそうです、笑。




・glmmstanのインストール

・brmsのインストール

・rstanarmのインストール

3つはともにパッケージ経由でRstanを鬼のようにこき使うためのツールです。

めっちゃ便利で、開発者の方々には感謝しかありません。

あざまーす!

文法は3つともglmerやlmerと同じなので、同様の使い方ができます。

例えば、以下のような感じで書けばできます。

もちろん実際に行うときは、任意の変数名に変えてかまいません。


・glmmstan

・brms

・rstanarm

それぞれの違いは、指定できる分布が違ったり、モデル比較がやりやすいものがあったり、サンプリングの調整がしやすいものがあったり、いろいろです(ぼくも全部理解できているわけではありません)。

資料は以下のサイトでどうぞ。

他にもええのあったら教えてくだせー。

GLMMをやるパッケージを二つほど。



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